Per la descrizione di questo vitigno è stato utilizzato un clone di "Vernaccia di S. Gimignano", della Collezione sperimentale costituita dell'Istituto di Coltivazioni Arboree nell'azienda della Facoltà di Agraria dell'Università di Firenze, dove è stato da noi introdotto dalla omonima zona di S. Gimignano; le osservazioni sono state anche ripetutamente effettuate nelle diverse zone di diffusione.
Germoglio di 10-20 cm
Figura 1: Apice di Vernaccia Di S. Gimignano. Apice: globoso, cotonoso, bianco argenteo, orlo carminato.
Foglioline apicali (dalla 1a alla 3a): spiegate, bianco-giallastre con orlo carminato, cotonose.
Foglioline basali (dalla 4a in poi): spiegate, verdi, glabre o quasi, talvolta con leggero residuo aracnoideo.
Asse del germoglio: curvo, talvolta a pastorale.
Tralcio erbaceo: di sezione trasversale circolare, contorno angoloso, glabro, di color verde a colorazione uniformemente diffusa.
Viticci: bifidi, lunghi, verdi, intermittenti (formula: 0-1-2-0-1-2...).
Infiorescenza: grossa (15-24 cm), piuttosto compatta.
Fiore: tipo morfologico: di sessualità apparente ermafrodita; bottone fiorale: cilindroide, mezzano.
Figura 2: Foglia di Vernaccia Di S. Gimignano. Foglia: orbicolare o pentagonale, di media grandezza, trilobata, con seno peziolare a V aperto, ma talvolta anche ad U; seni laterali superiori a V stretto, con bordi paralleli; lembo piano ondulato o bolloso, spesso; lobi piani; angolo alla sommità dei lobi terminali acuto; pagina superiore glabra, di colore verde cupo, opaca e con nervature verdi; pagina inferiore aracnoidea, di colore verde chiaro, con nervature principali verdi, nervature di 1°, 2° e 3° ordine sporgenti, denti laterali molto pronunciati, irregolari, concavi da un lato, dall'altro convessi, a base larga.
Picciolo: corto, alquanto sottile, verde, talvolta con leggerissime striature di rosso chiaro, glabro, di sezione trasversale con canale poco evidente.
Portamento della vegetazione: espanso.
Acino erbaceo: subrotondo, verde di tono medio, pruinoso.
Figura 3: Grappolo di Vernaccia Di S. Gimignano. Grappolo a maturità industriale: piuttosto grosso (lunghezza 17-23 cm), di aspetto semi-compatto, allungato, piramidale talvolta alato, per lo più con un'ala; peduncolo visibile erbaceo o semi-legnoso, grosso.
Acino: di media grandezza (diametro trasversale 12-16 mm) quasi discoide, regolare, ombelico mediamente persistente; buccia pruinosa, in genere di color verde giallastro, ambrato nelle migliori esposizioni, di spessore medio; polpa succosa, succo incolore di sapore neutro; pedicelli medio-lunghi, verdi; cercine evidente di colore verde; pennello di media lunghezza.
Vinaccioli: in numero medio di 2 per acino, di media grandezza, piriformi, con becco corto; nessun acino sprovvisto di vinaccioli.
Tralcio legnoso: medio-lungo, glabro, abbastanza robusto, non molto ramificato per presenza di femminelle piuttosto rade, mediamente vigorose; sezione trasversale circolare, superficie striata; nodi piuttosto globosi ed alquanto evidenti, internodi di circa 7-8 cm, di colore nocciola a distribuzione abbastanza uniforme; gemme appuntite, cercine peziolare mediamente stretto, diaframma leggermente concavo, midollo di medio spessore, di color marrone.
Tronco: di buona vigoria.